Fue de día 8 de diciembre de 1548 cuando el Obispo de Marruecos, Don Sancho Trujillo, primer colegial, bendijo la Capilla de la Universidad ; acababa de nacer una institución docente que habría de tener casi tres siglos de existencia.

Su fundación se debe sin duda, a la eficaz y generosa personalidad de Don Juan Téllez Girón IV Conde de Ureña (izquierda), el cual obtiene del Papa Paulo III, la Bula de fundación el día 10 de octubre de 1548. Por ella se instituye un colegio mayor con una capilla bajo la advocación de la Concepción de Nuestra Señora y un estudio General en el que los estudiantes pudiesen obtener grados que tuviesen la misma validez que los de “Bolonia”, Salamanca, Alcalá de Henares, con los mismos honores y prerrogativas de ellos”.

Tuvieron sede en ella quince cátedras mayores en la Universidad y ocho menores en el Colegio, agrupados en torno a las facultades de Medicina, Leyes, Cánones y Teología.

Dejó de funcionar como Universidad en el año 1824, desconociéndose la actividad que se desarrolló en el citado edificio hasta el año 1847. En esa fecha se centralizan y concentran en el estado todas las enseñanzas Universitarias existentes, creándose mediante la Ley de Instrucción Pública de fecha 17 de Septiembre de 1845. Los Institutos de Segunda Enseñanza, abriéndose nuevamente sus puertas la ya antigua Universidad de Osuna como Instituto, hasta el año 1993 que se traslada al edificio del antiguo asilo de ancianos, inmueble restaurado y adaptado por la Consejería de Educación de la Junta de Andalucía.  

En el año 1995 se inician por el Ayuntamiento de Osuna, las obras de adaptación de la antigua Universidad para Escuela Universitaria, funcionado nuevamente como Universidad desde el curso académico 1996-97 .  

Una vez conocido el programa de necesidades para poder adaptar el edificio a Escuela Universitaria se procede por el Ayuntamiento de Osuna a ejecutar la primera y segunda fase de intervención en el edificio, sin que la obra altere la estructura básica del mismo, es decir, sin introducir ningún elemento de nueva planta y limitándose la actuación a la obra de distribución interior de los nuevos espacios respetando los elementos sobresalientes del mismo (Oratorio, Sala de Grados, Paraninfo, Escalera, Patios, etc.). 

Con las dos primeras fases de ejecución se ha restaurado la totalidad del interior del edificio sobre todo en lo referente a los capítulos de instalaciones especiales, electricidad, sanitaria, climatización, revestimientos y carpintería de madera, recuperándose íntegramente todos los artesonados y bóvedas existentes. En la fachada del claustro se encontró durante la ejecución de las obras, que la tipología y disposición de huecos no respondía a un orden regular, apareciendo datos que hacían suponer que dichos huecos habían sido transformados durante la vida del edificio en función de los requerimientos de la distribución de usos, recuperándose su disposición, reformándolos y adaptándolos a las necesidades de la nueva Escuela Universitaria. 

Puntualmente se estudio la adaptación del edificio a las nuevas normativas para la eliminación de barreras arquitectónicas y de protección contra incendios. Originado esto la necesidad de ubicar, en el ángulo opuesto de la escalera existente, una nueva escalera de emergencia y una pasarela por el foso posterior del edificio que comunicara directamente con el exterior. En dicho espacio es donde se ubicó un ascensor para minusválidos sin que alterara la configuración e imagen exterior e interior del edificio.  

Con la tercera fase de actuación, actualmente en ejecución, se concluirá la reforma total del edificio , procediéndose a la restauración de las fachadas exteriores, torreones de esquina y recuperación de los capiteles de las torres, recubiertos con azujelería vidriada blanca y azul que vienen a dar una nota de colorido en la severidad predominante del edificio.